Sekolah Methodist Jakarta merupakan bagian integral dari Gereja Methodist Indonesia Jemaat Imanuel Jakarta. Seiring bertambahnya jumlah anggota GMI Jemaat Imanuel pada tahun 1976, timbul suatu pemikiran dari majelis untuk membantu anggota gereja mengatasi masalah pendidikan anak-anak jemaat dengan membuka sekolah. Pemikiran ini sejalan dengan Pendiri Gereja Methodist yaitu John Wesley, beliau berpandangan bahwa sekolah adalah salah satu bentuk pelayanan sosial gereja terhadap bangsa. Melalui Institusi sekolah, anak-anak tidak hanya dibentuk sebagai manusia berilmu namun juga beriman dan berkarakter baik.

Pemikiran para majelis tersebut disambut baik oleh anggota jemaat dan ditindaklanjuti dengan dibentuknya tim pelopor yaitu Ibu Elvira Thamsir, Ibu Suwarni Gunawan, Ev. Liu Ru Piao, Bapak C.J. Sihombing, Bapak Markus Paulus, dr. Hosea Kurniadi, Ibu Pdt. Edi Paulus dan Bapak Rudy Tjandra maka pada tanggal 7 Januari 1977 dibuka Taman Kanak-Kanak Methodist yang berlokasi di Jl. Prof. Dr.Latumenten Gg.Rahayu I No.7, Jakarta Barat. Fasilitas perdana masih menggunakan ruang gereja sebagai kelas dan berbagai alat peraga sekolah merupakan sumbangan dari jemaat GMI Imanuel. Puji Tuhan kelas perdana diikuti oleh 22 siswa.

Dengan anugerah Tuhan, doa serta dukungan dari jemaat, Taman Kanak-Kanak terus berkembang dan ditahun 1978 mulai dibuka SD Methodist dengan jumlah siswa perdana 15 orang. Dengan bertambahnya jumlah siswa maka diperlukan ruang kelas tambahan. GMI jemaat Imanuel menyewa bangunan disebelah gereja untuk memenuhi kebutuhan fasilitas kelas. Dan pada tahun 1979 bangunan yang disewa tersebut akhirnya dibeli oleh GMI Jemaat Imanuel. Pembelian bangunan tersebut juga merupakan partisipasi bersama dari para anggota jemaat yang turut serta mendukung. Ditahun 1979 ini juga dibentuk Badan Pengurus Sekolah untuk mengelola dan bertanggung jawab terhadap perkembangan dan pengembangan Sekolah selanjutnya. Susunan Badan Pengurus Sekolah sebagai berikut:

Sungguh Ajaib pekerjaan Tuhan melalui Sekolah Methodist, seiring waktu dengan pertolongan Tuhan dan kepercayaan dari masyarakat, siswa terus berkembang dan bertambah. Dibukalah SMP Methodist pada tahun 1982 dan SMA Methodist pada tahun 1990. Perkembangan di tahun 1990 dengan jumlah siswa seluruhnya 300 orang, sudah tidak memadai lagi dilokasi yang digunakan. Maka dibeli sebidang tanah yang berlokasi di Jl. Terusan Bandengan Utara No.91 AY, Kecamatan Penjaringan, Kelurahan Pejagalan, Jakarta Utara (lokasi saat ini). Dan secara bertahap dilakukan pemindahan kegiatan belajar mengajar dari Latumenten menuju ke Bandengan. Pemindahan bertahap dimulai dari TK pada tahun 1993, SD pada tahun 1995, SMP tahun 1996 dan SMA tahun 1997.

Sekolah Methodist terus berupaya meningkatkan kualitas mutu pendidikan serta pengajaran dalam Iman, Ilmu dan Kasih. Sehingga dapat menjawab tantangan zaman dalam mempersiapkan mendidik generasi penerus bangsa kedepannya. Sekolah Methodist telah menghantarkan banyak lulusan dengan rasa syukur, bangga dan bahagia atas berbagai potensi dan prestasi para siswa. Para alumni telah banyak tersebar diberbagai negara dan kota di Indonesia, mereka memberikan dampak positif dalam profesi dan pekerjaan yang dilakukan. Dari Sejarah Sekolah Methodist, kita dapat melihat penyertaan dan pemeliharaan Tuhan yang luar biasa atas Sekolah ini. Sekaligus senantiasa belajar bertumbuh dan berproses untuk senantiasa mengandalkan Tuhan dalam melaksanakan proses mendidik bagi para siswa-siswi di Sekolah Methodist. Kiranya dalam pemeliharaan Tuhan, Sekolah Methodist dapat terus melaksanakan Visi dan Misi untuk mendidik generasi penerus bangsa yang beriman, berilmu dan berdampak positif bagi gereja, masyarakat, bangsa dan negara.